رشته تحصیلی مهندسی پزشکی، یک علم میان رشته ای است که با درک و فراگیری علوم پایه مهندسی (برق ، مکانیک ، مواد ، شیمی ، کامپیوتر و …) و بکارگیری آن در کنار دانش پایه ای زیستی و پزشکی موجود، می توان نیاز پزشکان و کادر درمانی به راهکار های مهندسی در طول تحقیقات، تشخیص، درمان و نگهداری بیمار را رفع کرد.
امروزه مقطع دکتری رشته مهندسی پزشکی به دو صورت تخصصی و پژوهشی ارائه میشود. دکتری تخصصی در چهار گرایش (بیوالکتریک، بیومکانیک، بیومتریال،بافت) توسط وزارت علوم و در سه گرایش (بیوالکتریک، رباتیک، مهندسی بافت) توسط وزارت بهداشت ارائه می شود، در حالی که دکتری پژوهشی در دو گرایش (بیوالکتریک، مهندسی بافت) فقط توسط وزارت بهداشت ارائه می شود. تعداد کل واحد های درسی آن در دانشگاه های تابع وزارت علوم 36 واحد (18 واحد نظری و 18 واحد پایان نامه(رساله)) و در دانشگاه های تابع وزارت بهداشت ۴۶ واحد (۲۴ واحد نظری ، ۲ واحد سمینار و ۲۰ واحد پایان نامه) می باشد.
در ایران دوره دکترای مهندسی پزشکی بالاترین مقطع تحصیلی دانشگاهی در این رشته است که به اعطای مدرک می انجامد، علاقه مندان جهت ادامه تحصیل در مقطع پسا دکتری (پست دکتری) می توانند در دانشگاه های خارج از کشور مشغول به تحصیل شوند.
دروس رشته مهندسی پزشکی در مقطع دکتری نیز، مربوط به علوم مهندسی در زمینه مطالعاتی تخصصی بوده و دروس پزشکی صرفا در راستای موضوع تحقیقاتی و خارج از دروس دانشگاهی مطالعه می شود.
دانش آموخته رشته مهندسی پزشکی را مهندس پزشک گویند که با بکار گیری علوم مهندسی، اقدام به مدلسازی ارگان ها و عملکرد آنها و همچنین طراحی، ساخت، نگهداری و آموزش کاربری تجهیزات و ملزومات پزشکی می کند، تا نیاز کادر پزشکی به تجهیزات و ملزومات پزشکی در پیشگیری، تشخیص و درمان بیماریها رفع شود.
دانشجویان با اتمام دوره دکتری مهندسی پزشکی می توانند در واحد تجهیزات پزشکی بیمارستان ها یا واحد اداره تجهیزات پزشکی دانشگاه های علوم پزشکی، مراکز تحقیقاتی، به عنوان کارمند، یا در دانشگاه های سراسر کشور و موسسات آموزشی به عنوان مدرس و هیئت علمی یا در شرکتهای خصوصی و کارخانه های تولید تجهیزات پزشکی، به عنوان کارمند یا کارآفرین، بصورت تخصصی کسب درآمد کنند.